Pinguïns leven voor een groot deel van vis en krill. Hoewel er heel veel krill in de oceaan zwemt is deze voorraad niet onuitputtelijk. En natuurlijk heeft ook hier de mens weer eens inhalig meegewerkt. Alleen al door visserij wordt er jaarlijks 70.000 ton krill bovengehaald. Hiermee haalt de mens de helft aan krill uit het water van alle robben en zeevogels samen.

Dat dit van invloed is op de pinguïnpopulatie is niet moeilijk te verstaan. Zo is volgens de Amerikaanse onderzoeker Wayne Trivelpiece de adéliepinguïn verminderd in aantal omdat ze te weinig krill vindt in hun leefgebied. Door onderzoek van hun leefwijze weet men dat een adéliepaar voor de broedperiode (van 1 november tot begin februari) 180 kg krill nodig heeft. Omgerekend voor een kolonie van 250.000 pinguïns betekent dit elke zuidelijke zomerperiode 20.000 ton krill. Wanneer men alle adélie-broedparen in het Antarctische halfeiland telt is dit per zomer 56.000 ton krill.

Ook andere vissoorten, die als voedsel voor pinguïns dienen, worden overbevist. Zo wordt de marmerbaars, de antarctiskabeljauw en de ijsvis al jaren teveel gevangen. Deze vissen worden als vismeel verwerkt of tot olie verbruikt.
De afrikaanse en humboldtpinguïn wordt onder andere bedreigd door overbevissing van de ansjovis. De laatste jaren is de visvangst nog gestegen zodat het een direkte bedreiging vormt voor de pinguïnpopulatie.

volgend hoofdstuk: invoeren van andere, uitheemse dieren